En la noche del 26 de abril de 1998, a los 76 años de su edad, y dos días después de haber publicado el informe Guatemala: nunca más, asesinaron de forma brutal al obispo Juan José Gerardi.
El día 24 de abril, al presentar los cuatro tomos del informe que coronaba el proyecto de “Recuperación de la Memoria Histórica”, el obispo Gerardi dijo:
La saña del asesinato de monseñor Girardi – le mataron a golpes en la cabeza con un bloque de cemento en el garaje de la casa parroquial de San Sebastián, de la zona 1 de la ciudad de Guatemala – da fielmente cuenta que había muchos que no estaban dispuestos, justamente, a que se recuperara la memoria de la guerra civil guatemalteca. El reporte exponía a miles de testigos y víctimas de la represión estatal y culpaba de la mayoría de crímenes al Ejército.
En las investigaciones encabezadas por el obispo Gerardi se documentaron más de 54,000 violaciones a los derechos humanos durante las casi cuatro décadas que duró la dictadura militar (1960-1996).
La autoría de la mayoría de brutalidades, según pruebas fehacientes, incluidas masacres, torturas, violaciones masivas, desapariciones forzadas, mutilaciones y otros crímenes, se le atribuyó al Ejército (90 por ciento del total).
En el reporte retrospectivo se presentaron miles de testimonios recogidos en todo el país, que fueron relatando cuarenta años de memoria de represión: 150,000 guatemaltecos muertos, 50,000 desaparecidos, un millón de exiliados y refugiados, 200,000 huérfanos, 40,000 viudas. Nueve de cada diez víctimas eran civiles desarmados, en su mayoría indígenas.
Coincidiendo con el vigésimo aniversario del asesinato del obispo Gerardi, Nery Rodenas, director de la Oficina de Derechos Humanos de la arquidiócesis de Guatemala, recordaba a la revista America que monseñor Gerardi era una persona que no solo se relacionaba con personas de las regiones más pobres, no solo con los más excluidos, sino que también "buscaba la reconciliación, la paz y reconocer la verdad en Guatemala".
Desde la perspectiva de Rodenas, el obispo Gerardi
Lo hizo con un enorme esfuerzo interdisciplinario. En él quedaron estampadas en sangre cerca de 400 masacres atribuidas el Ejército y a fuerzas paramilitares asociadas al Ejército guatemalteco.
Dos días antes de ser asesinado, Gerardi lo presentó en la Catedral Metropolitana de la ciudad de Guatemala.
Cuatro personas, incluidos tres oficiales militares, se declararon culpables del asesinato en 2001.
"Conociendo y escuchando los testimonios de las personas afectadas por la guerra, Monseñor Gerardi impulsó este proyecto para recuperar la memoria histórica. Para dar voz a los afectados. Fue una forma para que la Iglesia Católica de Guatemala se acercara al sufrimiento de la gente para que pudieran decir su verdad", dijo Rodenas.
La muerte de Girardi no ha sido en vano. La sociedad del país centroamericano rechazó, de alguna manera, a los dictadores militares y los implicados en los crímenes de guerra. Aunque no se han acabado de cerrar las heridas de una guerra fratricida, con tantísimas consecuencias en las familias pobres, rurales, indígenas de Guatemala.
Y la sangre del obispo se recordará siempre como la sangre que abrió el camino a las labores posteriores de la Comisión para el Esclarecimiento Histórico (CEH), entidad auspiciada por la ONU, instalada en virtud de los Acuerdos de Paz de 1996.
La comisión de Naciones Unidas llegó a conclusiones similares que el proyecto histórico que dirigió el obispo; responsabilizando al ejército de más del 90 por de los crímenes durante las cuatro décadas de confrontación política.
En febrero de 1999 la comisión internacional presentó su propio informe, Memoria del silencio. Su coordinador, el alemán de origen polaco Christian Tomuschat, afirmó:
Con información de Wikipedia y de Jackie McVicar para la revista America