La misión fue fundada el 23 de febrero 1720, pues la misión San Antonio de Valero se había hacinado poco después de su fundación con los refugiados de las misiones concluidas del este de Texas. Fray Antonio Margil recibió permiso del gobernador de Coahuila y Texas, el marqués de San Miguel de Aguayo, la construcción de una nueva misión de 5 millas (8 km) al sur de San Antonio de Valero. Al igual que San Antonio de Valero, la Misión San José sirvió a los indios Coahuiltecan.
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