La Constitución reconoce la libertad de religión, culto e ideología. Establece que a ningún grupo religioso se le asigne el estatus oficial.
Además establece que las relaciones entre el Estado y la Iglesia católica se basan en la independencia, la cooperación y la autonomía. Igualmente, garantiza la independencia y la autonomía de las confesiones religiosas, sin más limitaciones que las impuestas por la Constitución y la ley.
Ningún individuo puede ser investigado u obligado a dar testimonio a causa de sus creencias. Hacer comentarios discriminatorios en público (ya sea de palabra, ya sea a través de los medios de comunicación), contra la fe de alguna persona se considera un delito punible, según el artículo 223 de Delitos contra la Tolerancia Religiosa. Se aplica cuando la ofensa intenta provocar conflictos sociales y conlleva una pena de hasta tres años de prisión. En la sección de Deterioro de Objetos de InterésComún (artículo 158) aparece como delito reconocido por el Estado la destrucción total o parcial de los objetos venerados por las comunidades religiosas, o de cualquier objeto que se utilice para el culto.
La ley reconoce el derecho a la objeción de conciencia al servicio militar por motivos de creencia religiosa. Por la misma razón, el Gobierno financia el programa de capellanías de la Iglesia católica en las Fuerza Armadas, además del programa de capellanías evangélicas (desde 2011). Se permite la fundación de partidos políticos confesionales, pero el presidente, el vicepresidente y los miembros del congreso tienen que ser laicos. Se exige que todos los grupos religiosos se inscriban en el Ministerio de Educación y Cultura. Tienen que demostrar que son asociaciones sin ánimo de lucro y presentar el balance de cuentas y los antecedentes penales.
Incidentes y acontecimientos acaecidos durante el año que se estudia en este informe
Tras su visita a Paraguay en marzo de 2011, el relator especial sobre libertad de religión y creencia de Naciones Unidas elaboró un informe en el que observaba que, aunque Paraguay es un Estado oficialmente laico, mantiene reminiscencias del anterior trato preferente al catolicismo.
Por ejemplo, en algunas ceremonias de la policía y del ejército, no se obliga a asistir a los miembros de dichas instituciones que profesan otras religiones. Algunos grupos protestantes denuncian que la universidad católica tradicional recibe subvenciones del Estado, mientras que la reciente universidad protestante no.
La Iglesia católica está exenta del requisito del registro anual que el resto de las comunidades religiosas tienen que formalizar. Miembros de grupos religiosos no católicos consideran que esto es discriminatorio y también se oponen al incómodo y burocrático proceso que supone.
También encuentra ofensivo que se les exija un certificado de buena conducta expedido por la policía para realizar ese registro anual.
En agosto de 2013, la Asociación de Libertad Religiosa Internacional celebró en Paraguay su I Congreso sobre Libertad Religiosa. Contó con la asistencia de unos 600 líderes religiosos. El congreso fue organizado por el viceministro de Culto del Ministerio de Educación y Cultura junto con el Foro Permanente de Diálogo Interreligioso de Paraguay, la Universidad Adventista de Paraguay y la Universidad Católica Nuestra Señora de la Asunción.
Los delegados analizaron sus experiencias con los expertos en el campo de la libertad religiosa, que propusieron ideas para la revisión y actualización de la legislación relacionada con el culto y la educación.
En algunas zonas del Chaco paraguayo la principal fuente de empleo eran las empresas y negocios propiedad de los menonitas. La población se queja de que los jefes emplean preferentemente a trabajadores menonitas. También se quejan de que algunos grupos misioneros protestantes utilizan la presión psicológica para persuadir a los trabajadores indígenas de que se conviertan al cristianismo.
En noviembre de 2012, la Conferencia Episcopal paraguaya publicó una carta pastoral después de celebrar su 196.ª asamblea plenaria. Los obispos apuntaron, entre otras cosas, que las familias cristianas se quejan de que la escuela estatal no ofrece enseñanza religiosa. Culpan de ello a la “discriminación laicista” contra quienes la solicitan. Afirman que la separación entre la Iglesia y el Estado no se debe utilizar, como forma de acabar con la educación religiosa en los colegios.